講座・職員・予算：昭和39年4月（1964）害虫学講座が新設され，同年12月に山崎輝男助教授が同講座の初代担任教授に任命された。これに伴い，昭和40年9月には藤候純夫が農林省農業技術研究所から，同41年10月には正野俊夫が三共製薬中央研究所から助手として，また昭和41年12月には松本義明が岡山大学農業生物研究所から助教授として，それぞれ着任し，ようやく講座としての体制が整った。また研究室の業務遂行の補佐役として山口（現：清水）慶子・原田（現：本田）啓子が技能員として勤務した。
山崎教授は昭和48年3月60歳で停年退官し，同年11月松本が後任教授に選任され，昭和63年3月の停年まで勤務した。また翌49年9月池庄司敏明が横浜市立大学講師から助教授に着任した。正野助手は昭和54年4月産業医科大学助教授に，藤係助手は昭和54年1月佐賀大学助教授に転出し，後任の助手には石川幸男・本田洋が採用された。
当時の国庫から支給される研究室の予算はきわめて貧弱で年間約100万～120万円程度の額で注1，研究室の運営には一方ならぬ苦労を強いられた。その後，とくに昭和50年代後半は日本全体の好景気にも支えられ，文部省の科学研究費をはじめ，農水省の別枠研究費の応援・農薬会社からの支援等もあり，比較的順調に研究を進めることができたといえよう。しかし，松本が勤めた最後の年の昭和62年度ですら国庫から研究室への支給額はようやく年間230万円前後であった。
研究室の配置・面積等：研究室は昭和42年当時，3号館3階北側の310号室の教授室を中心に309・311号室（各30m2），中央廊下部分の320・321号室（各25m2），322号室（50m2），また地下にも東側の18号室ならびに3号館東側の小コンクリート建物の東半分（40m2）（当時の通称別館）を専用とした。このうち320号室は戦前の動物学教室から引き継いだ標本を所蔵する標本室で，また地下の18号室には山崎・楢橋両氏に学生鈴木良一氏が協力して手作りのヒーテイングとインターフォンシステムを備えたハエ・ゴキブリ等実験昆虫用の木造の飼育室（約6m2）が設けられていた。
その後，昭和46年，農学部1号館地下の農業工学科専用実験室が4号館へ移転したのを機に，松本は，それまで319号室で行われていた農学科の学生実験をそこへ移し，319号室の2/3（80m2）を害虫学研究室に，1/3を養蚕学研究室の専用とすることを学科教官会議に提案し，賛同を得，319-Bに飼育用の恒温室を設けた。また昭和57-59年の3号館改修工事に際し，3号館2階正面に設けられた標本室に320号室の標本を移し，実質的に使用可能な部屋とし，同時に水産学科が使用中であった308号室を専用に取得した。なお地下の18号室は昭和46年に，別館は昭和59年にそれぞれ学部に返還された。これらの措置により3号館3階北側では研究室は現在のように308号室から311号室までの4室（約120m2）が連がり，中央部分では東側の319号室B・Cの2室（約80m2）と廊下をはさみ，中央廊下北側の320，321，322号室の3室（約100m2）を専用とすることができ，日常の研究活動の能率・職員学生間の連絡は大幅に改善された。なお，研究室発足以来，310号室は週1度のゼミナールには使われることはあっても教授の専用室に使用されていたが，昭和47年からは310号室は研究室共通の図書室・ゼミナール室として学生が気軽に出入りし，図書を自由に利用できるように整備し，311号室を教授室に当てることとした。
大学・研究室を取り巻く社会情勢：この時期に特筆しておかなければならないのは，いわゆる「東大紛争」と称される一連の事件である。同紛争は昭和43年医学部の学生自治会がインターン制度に代わる登録医制度に反対して，無期限ストに突入した（1．29）のが発端で，医学部はこれより前の学生と医局長との団体交渉での医局長缶詰め事件で17人の大量処分を発表した（3．12）。ところが，その中の1名が同事件の現場に不在であったことから，事態は急展開。3月28日の卒業式が全学闘争委員会の学生により阻止され，卒業式は中止となり，各学部での卒業証書の伝達式に切り替えられる始末となった。以後大学側の対応の不手際もあって，紛争は激化の一途をたどり，全学部にストライキが波及し，安田講堂前の広場にはそれぞれの派の学生による立て看板と泊り込む学生のテントが林立し夏を越すにいたった。秋にはいり，医学部はようやく学生の処分を撤回。大河内総長は辞任。医学部長，病院長は退官したが，事態は一向に改善されなかった。
加藤一郎総長代行のもと，11月になり，全学部長注2が交代して，ようやく新体制で紛争の収拾に乗り出し，最後は翌昭和44年1月18・19日の安田講堂に立てこもる全共闘学生に対する警視庁機動隊の排除で幕となったが，その年の入学試験は加藤総長代行の懸命の努力も空しく，大学の当事者能力の無さを責めた中山一郎文相によりついに中止の憂き目を味わされる結果となった。以上が世に言う「東大紛争」である。しかし農学部にとっては，むしろその後の方が大変で，農学部の北側，弥生キャンパス最北端に位置した地震研究所で起こった長期雇用の臨時職員の待遇改善問題に端を発した紛争は間もなく農学部に接する応用微生物研究所（現：分子細胞生物学研究所）に，次いで農学部へと波及し，多数の長期雇用者を抱えていた演習林を巻き込み，大紛争となった。職員側は学部長・評議員等学部執行部に対し，再々執勧に団体交渉を求め，さきに畑村教授（農生注3・測定学）から学部長をひきついだ古島敏雄・篠原泰三（農経注3）・川田信一郎（農生・栽培学）の各学部長はいずれも相次いで激務心労に倒れ，任期2年のなかば数ケ月乃至約1年で退任に追い込まれた。昭和46年2月25日，3号館1階・農学部事務室北側の教官会議室において，折りしも入院中の川田信一郎教授に代わり，評議員藤巻正生教授（農化・栄養化学）が主宰していた教授会に全共闘系職員・学生が乱入し，教授会は中断の止むなきに至り，教授らは会議室から退去したが，そのすきに，一部過激派の学生は会議室とそれに隣接した学部長室を占拠するにいたった。今日の常識では到底考えられないことであるが，当時，大学側は彼らを排除することができず，3月新たに学部長に選出された山田浩一教授（農化注3・発酵学）は学部長室の学外移転をはかり，開業間もない根津の東京弥生会館の一室を約2年間借用し，学部長業務が行われた。またこの頃は，職員組合は毎日の宿直業務を「過激派による暴力に身の安全が保証されない」ことを理由に拒否し，教授・助教授が交代で宿直と休日の日直を勤めるという異常事態でもあった。昭和50年春，共闘系職員側は評議員の蓑田教授（農化・発酵学）との交渉の際，同氏を教官会議室に連行し，同氏の周囲に椅子等を積み上げ，拘束状態に置くなど危険な行動に出たため，教授会側は若手助教授を中心に教授助教授が一丸となり，実力をもって彼らを排除し，ようやく会議室・学部長室を取り戻し，一応秩序を回復させることに成功した。以後農学部は次第に落ち着きを取り戻していった。
なお，大学紛争は東大だけに限ったものではなく，昭和43年の4月には20億円の使途不明金が火種となり，日大紛争が起こり，東京教育大学では筑波への移転問題から紛争が起こるなど紛争は全国に波及し，少なくとも国立大学では全ての大学が何らかの紛争に巻き込まれたと言っても過言ではないばかりか，ヨーロッパではパリのソルボンヌ大学，アメリカではカリフォルニア大学など主要な各大学でも紛争が起こり，パリ市街に労働者・学生40万人のデモが繰り出された。またこれらの暴動がまた日本に逆輸入され，東京では新宿駅で貨物列車に火炎瓶が投げつけられたり，神田でも学生がバリケードを築き，警官隊と対時し，暴力事件を起こしたりした。
上記の紛争は害虫学研究室の研究教育・運営にも少なからず影響を与えたことはまぎれもない事実で，昭和41年暮に助教授として赴任した松本は昭和42年度当初から，学部学生委員に任命されたのを皮切りに，総長室補佐員として，本部に勤めるなど，種々紛争への対応に追われ，さらに農学部に紛争が飛び火した46年からは，1.5年以上にわたり学部長室員として連日，朝から夕べまで前記学外の本部に詰めるようになり，本来の研究教育あるいは研究室の運営業務からも遠ざかる日々が続いた。
研究：この時期の研究とその成果は本章末尾の業績表からも明らかであるが，ようやく1970年代後半になり上記の紛争も収まり，とくに1980年代にはいってから大学院への進学者の増加また韓国からの初の留学生安・詳両君の受け入れもあって，すこぶる多彩な研究が展開された。
研究に直接参加した多くの方々の氏名省略脱落をご容赦の上で，敢えて大別すれば山崎・正野・宇垣・安ら（以下敬称略）を中心とした殺虫剤の作用機構・抵抗性に関する研究，藤条・鎮西・小川らによる昆虫の変態と窒素代謝，河野・佐々木・金子らの光周性機構，松本・池庄司・石川・本田育郎・山田らを中心としたタマネギバエの寄主選択行動・タマネギからの誘引物質の特定・感覚器官の形態と生理，松本・本田洋・昆野・望月・篠田・詳らのクリタマバチ・モモゴマダラノメイガ・クワノメイガ・キボシカミキリ・ウラナミシジミ等園芸害虫の寄主選択・配偶行動・性フェロモンの単離同定，池庄司・小川の蚊の行動生態生理・音響に対する反応行動，またこれらの研究に付随した供試昆虫の大量飼育法の開発等々それぞれ世界の当該専門分野から注目される研究成果が数多く発表され，たとえば原著論文の数だけをみても，1986年には12篇，1987年には16編が刊行され，また応動昆大会にも1977年から1986年の10年間は毎年平均7題，1984年には12題の講演発表が行われ，他大学の教授らから賞賛と羨望の言葉を頂戴し，大いに面目を施した。またこれより先，1983年には試みに過去5年間の業績表（英文原著論文33篇和文1篇（年平均約7篇）；総説・書籍等21篇）をプリントし，学科内の各研究室に配布した。正直のところ、あるいは一研究室からでも返り討ちにあうのではないかとも危惧されたが、これは杞憂にすぎず、どこからも反撃にあうことはなかった。
多彩な研究が展開されたなかで，松本が直接関係した研究の一つタマネギバエの誘引物質に関する研究のごく一端を紹介しておく。松本は1962年から2年間前任地の岡山大学農業生物研究所（倉敷市・現同大学資源生物科学研究所）からカナダ・マニトバ大学にPost Doctoral Fellowとして研究出張した際に「タマネギパエはタマネギ中のプロピルジスルフィドやプロピルチオールの香気に誘引されてタマネギに選択的に飛来し産卵する」という世界で最初の発見結果を得た。しかしその発見当時から常に抱いていた疑問があった。すなわち上記の2種その他の誘引性有機硫黄化合物がタマネギ球根部の水蒸気蒸留抽出物にあるとしても，植物体から果たして実際に放散されているのかどうかという疑問であった。（花からの芳香は別として，当時は植栽状態の植物体の緑葉部分から種々の芳香成分が空気中に放散されているというのは，ほとんど考えられていなかった。）このことをなんとか直接的に証明したいというのが，この研究再開の動機であり，昭和42年助教授に着任した当時にも準備にとりかかり，津田・浅利両君の協力を得て，栽植状態にある植物体から実際に産卵刺激物質が放散されていることを明らかにしていた。しかし当時の技術的制約・紛争への対応等の雑務もあって，物質が同定されたのは1978年池庄司・石川らによるガスクロマト分析の結果である。なお，研究の再開には池庄司助教授の助言が大きな力となった。結果は1962年の松本の実験結果を裏書きするものであったと同時に石川は多くの含硫化合物を合成し，、n-プロピルチオ基に誘引性があることを発見した。
研究はさらに発展し，種々の貴重な知見を得たが，そのなかでも興味あるのは，タマネギ磨砕汁の発酵物からの中性物質の2-フエニルエタノールと酸性物質のn-吉草酸との混合物が，各種作物の発芽種子を食害するタネバエの雌雄を極めて強力に誘引するという事実である。この効果は東大の田無農場を借りての実地試験でも確かめられた。
その後，この方法を作物害虫の発生予察法に取り入れてもらってはどうかとの農水省関係者の助言もあって，植物防疫課に申し入れも行ったが，タネバエそのものが発生予察の指定害虫に登録されていないということで，沙汰止みとなった。また北海道のようなタマネギバエとの混在地域では，トラップに捕獲された虫の種の選別が困難であるという難点は残念ながら解決されないままになっている。
いずれにせよ，このような成果が得られたのは，研究室スタッフの努力はもちろんのこと，大学院生を中心とした学生諸氏の努力と競争が大きなエネルギーとなったことが大きい。また殺虫剤の作用機構・抵抗性の研究については，理化学研究所主任研究員の深見順一氏がこの方面の研究を希望していた院生諸氏を預かり，直接指導に当たられたことも，大きな助けとなった。その他研究の遂行には農水省北海道農試・道立北見農試・東北農試・長野農試・茨城農試等外部諸機関の協力を得て行われ，その蔭には研究室諸先輩同窓生各位をはじめ，関係者の大きな理解・支援があったことは忘れてはならない。モモノゴマダラノメイガの性フェロモン・タマネギバエ・タネバエの誘引剤については，それぞれ武田薬品（外国特許）・農水省北海道農試を通じて発明特許を申請し，いずれも特許が認められた。その他，既述のように文部省科学研究費の取得はもちろんのこと，日産化学・武田薬品をはじめそれぞれ要職にあった同窓生各氏の助力による研究助成金の援助を受けたことも大きな力となった。
なお，特許について一言断れば，大学人が特許を申請することは今日では大いに奨められる時代となったが，一昔前までは農学部のなかでも農芸化学や農業工学を除き，とくに農業生物学科では，長年にわたりそのような傾向への反発，あるいは無関心を装うことを尊しとする空気が支配し，いわば農学モラトリアムともいうべき閉塞環境下に置かれていたおかげで，1980年代にはいり，ようやく大学全体に現今のような産学協同の動きが出てきても，特許の取得などというのは，およそ思考の外，ましてや取得の方法・システムは皆目見当もつかない状況におかれていたといってよい。
教育：研究室が発足した昭和23年当時は戦前の旧制度にしたがい，学部は3年制で入学当初から学生は各学科に所属し（入学試験の問題は学部共通であったが，学科ごとに選考された。），2年目から専攻する各研究室に配属された。したがって研究室での専攻期間は2年間あり，学部段階で先輩後輩の交流連携が行われた（昭和25年―昭和29年卒）。また専攻の1年目（2年生）の夏期休暇には，国公立の試験場等で実習する機会が与えられるという大きなメリットもあった。しかし昭和24年5月に新制東京大学が発足し，学部は現在の4年制となり，初めの2年間は駒場の教養学部で過し，本郷の各学部への所属期間は2年間となった関係で，各研究室での専攻期間は1年間に短縮されるにいたり，卒業実験の期間も圧縮され，大学院，あるいは大学院へ進学する場合は別として学部段階での専攻，とくに卒論実験には教職員側も学生側も一段と苦労させられてきた感がする。一方で，研究室への学生の受け入れは，その時々の社会情勢を反映する供給母体の学科の学生数に大きく影響されることは当然である。第1期のなかでも，初期の昭和20年代後半は戦後に叫ばれた食糧増産と相まって戦時中の陸士や海兵・海経等の軍関係諸学校に在学した優秀な学生の救済方法として大幅な定員増が措置されたこともあって，農学科の学生数は50名以上（昭和23-25年入学）を数え，害虫学研究室の専攻学生も各年4－6名と安定していた。しかし，経済の高度成長が主張されはじめた昭和30年代後半になると農学部への進学希望者は低下し，農学科への進学者は7－11名（昭和36－38年）にまで激減した。この事態に対応し，学科は駒場農学校・農科大学時代から87年間続いてきた「農学科」の名称を昭和39年「農業生物学科」に改称し，カリキュラムも大幅に改正された。
すなわち，害虫学研究室の担当講義科目は昭和38年度までは必修科目として「害虫学」選択科目の「昆虫生理及生態学」の2科目であったが，昭和39年度以降は必修科目に「応用昆虫学」（山崎→松本），選択必修科目として「昆虫分類形態学」「昆虫生理学」（山崎→松本→池庄司）「昆虫生態学」（山崎→野村健一（非常勤）→松本）「応用動物学」，選択科目に「農薬学」（農芸化学科）が講ぜられ，このうち「昆虫分類形態学」は青木淳一・今立源太郎，「応用動物学」は一戸稔・草野忠治・真梶徳純氏ら外部からの非常勤講師の協力に委ねられた。また大学院の「特別講義」は，正野・藤條氏をはじめ，多くの研究室卒業生の協力を仰いで行われた。
東大紛争の産物の一つとして，昭和46年に「全学教育ゼミナール」が誕生した。東大の教育課程を見直した結果，駒場の教養学部課程の教育に全学が協力し，専門の学問・研究の重要性．面白さを紹介して，学部進学の指針にしてもらおうというのが，その趣旨の大要である。当研究室では昭和47年以降4年に1回担当の順番のたびに，これに参加し，第1回の「昆虫をめぐる諸問題」（山崎ほか7名）を皮切りに，2回目からは養蚕学研究室のほか農芸化学科，後には森林動物学研究室の協力も得て「昆虫の科学」（松本ほか9名）を主宰し，毎回教養学部で数十名の学生を対象に講義を行ない，なかなかの好評を博した。そこで，これを機に，各講義担当者の共同執筆による単行書「昆虫の科学」（朝倉書店）を企画し，一般教養の書として昆虫学乃至応用昆虫学の普及をはかった。なお，この書の「□□の科学」というネーミングはその後，朝倉書店の農学関係の科学シリーズに先鞭をつけたと解される。なおこのゼミナールは2004年現在なお実施されている。山崎教授は昭和28年，安松京三（九大）内田俊郎（京大）野村健一（千葉大）の3氏と共著で「応用昆虫学」（朝倉書店）を刊行した。この書は2回の改訂を加え，30年以上にわたりわが国の応用昆虫学教育に大きな足跡を残した。昭和61年，書店からの再三の要請もあり，松本は斉藤哲夫（名大）平嶋義宏（九大）久野英二（京大）中島敏夫（北大）の4教授と相はかり「新応用昆虫学」を刊行した。本書はその後2回の改定を行い，現在なお各地諸大学の教科書・参考書に供用されている。
研究室員の海外研究出張・国際会議講演出席等：（身分はそれぞれ当時のもの）
Ａ・研究／調査出張
藤條純夫（助手）：1971年12月-1973年10月 米国エール大学生物学部へ研究出張
（Research Assistant）
正野俊夫（助手）：1975-1978年 米国カリフォルニア大学バークレイ昆虫学部へ研究出張。
（Research Associate）"Metabolism of permethrin in insects"
池庄司敏明（助教授）：1983-1984年カナダ・シモンフレーザー大学昆虫学部へ研究出張。
松本義明（教授）：1984年.1月 英国・米国 欧米における農学教育の現状調査（森謙治教授と）（文部省）
石川幸男（助手）：1984年11月-1986年10月 米国ミシガン州立大学昆虫学部へ研究出張（Visiting Research Associate）
本田 洋（助手）：1990年2月-1991年8月 米国アリゾナ大学W. S. Bowers研究室へ研究出張（Research Assistant）
Ｂ・国際会議・シンポジウム等出席
山崎輝男（助教授）・楢橋敏夫（助手）・深見順一（院生）：1958殺虫剤抵抗性に関する国際シンポジウム（ニューデリー・印度）
楢橋敏夫（助手）1964： 第12回国際昆虫学会議シンポジウム招待講演／座長（ロンドン・英国）
楢橋敏夫（助手>：いか神経軸索の新知見に関する国際シンポジウム招待講演（マイアミ・米国）
松本義明（助教授）：1968年1月米日共同科学会議「天然化学物質による昆虫行動の制御」（ホノルル・ハワイ）における講演発表。
松本義明（助教授）：1969年9月 第11回国際植物学会議シンポジウム招待講演（シアトル・米国）
松本義明（助教授）：1972年8月 第14回国際昆虫学会議シンポジウム招待講演（キャンベラ・オーストラリア）
松本義明・池庄司敏明・石川幸男・本田 洋：1980年7月 第16回国際昆虫学会議（京都）
松本義明・池庄司敏明・本田 洋雲石川幸男：1987年8月 第16回環太平洋学術会議（ソウル・韓国）
松本義明・池庄司敏明・本田 洋・石川幸男：1988年7月 第18回国際昆虫学会議（ヴアンクーヴァー・カナダ）
特許
1． ゴマダラメイガ；出願国 オーストラリア；発明の概要10－へキサデセナール及びそれを含有するゴマダラノメイガ用誘引剤；特許権者 武田薬品工業Ｋ､Ｋ；発明者 昆野安彦，新井好文，松本義明，高橋信孝；出願日1982.09.22（出願番号88613／82）；特許登録日1987.03.06；特許番号555714；権利の存続期間1998.09.22まで（出願日より16年間）
2． ヒレミア属害虫の誘引剤；特許権者 北海道農業試験場長；発明者 松本義明・石川幸男・池庄司敏明；特許番号 特許1525433号；出願日1982.10.01；公告年月日1989.03，02；登録年月日1989.10，30；存続期間2004，03，02まで（公告日より15年）
注１当時松本の前任地岡山大学農業生物研究所の害虫学研究室（教授・助教授各1名・助手2名・技官2名・学生0）の年間予算は約200万円，実質で東大の2倍以上であった。
注２農学部では畑村又好教授（農業生物学科測定学）から古島敏雄教授（農業経済学科農業史）に交代した。
注３農生：農業生物学科，農経：農業経済学科，農化：農芸化学科。当時の農学部は他に林学科，水産学科，農業工学科，畜産獣医学科，林産化学科の8学科から構成されていた。